Antiguo convento de franciscanos observantes fundado por Fray Hernando de Talavera en 1494 con el nombre de San Francisco el Nuevo. Los franciscanos aprovecharon el templo abandonado de Santa Leocadia para establecerse, por lo que la iglesia fue rebautizada como convento de  San Francisco y la calle donde se encontraba dejó de llamarse zapaterías para convertirse en la calle de San Francisco. Este tenía una parte original bajomedieval de la primitiva parroquia de Santa Leocadia, que se muestra en una capilla de bóveda de crucería.

El resto del templo es obra ya del siglo XVI y sobre todo del XVII, con nave central y cinco cuerpos unidos por arcos torales de medio punto y bóveda de cañón. De estilo barroco,  algunas de las capillas laterales acogen retablos e imágenes de distintas calidades. El retablo mayor de diseño barroco acoge varios lienzos de la vida de la Virgen, una trinidad coronando el conjunto y una imagen de San Francisco.

También resalta por su valor artístico la vía crucis de cerámica  diseñado por Francisco Arroyo Destaca su torre en la que se observa un panel de azulejos con escenas de la vida de San Francisco de Asís del siglo. A los lados los escudos de la Orden Franciscana.